中央环境保护督察，让内蒙古警醒。2016年11月12日，中央第一环境保护督察组向内蒙古自治区党委、政府反馈督察报告。督察反馈报告称，“内蒙古自治区生态环境保护工作虽然取得明显进展，但生态环境依然十分脆弱”“很多地方干部没有认识到绿水青山就是财富，一些地区生态破坏情况令人心痛”。
有的地方一年没有研究过环境保护问题
呼伦贝尔北方药业有限公司异味扰民问题长期存在，2013年以来，自治区各级环保部门共收到关于北方药业的投诉达143件。现场督察时，厂内腐臭扑鼻，生力源肥业违规填埋北方药业产生的废菌渣，性质恶劣。
乌海及周边地区煤田（煤矿）自燃污染环境问题严重，2012年以来自治区煤田（煤矿）灭火工程基本处于停滞状态，灭火工程排土场管理和矿区回填等生态修复工作处于无人监管状态。
包头危废综合处置中心建成后长期不能正常运行，全区大量有色金属冶炼废渣未得到及时处置，存在环境风险。工业园区亟待清理整治，64个自治区级以上园区中，29个未建设集中式污水处理设施，31个未建设集中供热设施，大多数园区未配套建设正规渣场。
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今年7月14日至8月14日，中央第一环境保护督察组对内蒙古自治区开展了环境保护督察，发现一些地区生态破坏情况令人心痛。督察中发现，2013年以来，半数盟市党委常委会很少专题研究环境保护，有的甚至一年间没有研究环境保护问题。内蒙古不少同志不仅没有认识到生态环境面临的严峻形势，反而认为全区环境容量大，环境不会出问题。
一些地方干部对生态环境脆弱性、环境保护紧迫性和艰巨性的认识不到位，导致一些地区生态破坏情况严重。锡林郭勒、呼伦贝尔有中国最美的草原，但在2002年以后，大规模在草原腹地发展煤化工、电解铝、火电等产业，造成草原千疮百孔，排放污染物严重，地下水位下降，工矿企业与牧民矛盾突出。目前内蒙古煤炭、煤化工、电解铝、火电等产能严重过剩，不仅投资效益不佳，而且留下了许多“烂尾工程”。
2004年在内蒙古政协会上，30多名科教文艺界委员联名提案，要求禁止在锡林郭勒、呼伦贝尔草原腹地进行矿产开发。但这样的呼吁，被当地一些环保意识淡漠的干部置若罔闻。一位政协委员说，开发商包括部分央企“像蚊子一样盯着资源，像苍蝇一样围着官员”。
督察反馈报告指出，（开发）有利于发挥资源优势，但在产业空间布局、可持续发展和保护生态环境方面研究不够，在产业环境风险控制方面措施不多，已对生态环境造成不良影响。
水和大气污染防治工作推进滞后
督察报告透露，内蒙古89个国家和自治区级自然保护区中有41个存在违法违规情况，涉及企业663家，且矿山环境治理普遍尚未开展。大青山、西鄂尔多斯、甘草等国家或自治区级自然保护区内大量采矿企业直到2016年上半年才停止生产。自治区有关职能部门违规在自然保护区内办理采矿证，甚至到2015年5月十部委联合印发《关于进一步加强涉及自然保护区开发建设活动监督管理的通知》后，相关部门仍对甘草保护区25宗采矿权审批续证。2014年和2015年，国土部门和环保部门违规审批位于蒙格罕山自然保护区的采石场项目。
另外，锡林郭勒草原国家级自然保护区3家企业未按自治区环保厅要求启动退出机制。呼伦贝尔、鄂尔多斯存在违规占用天然草地问题。鄂尔多斯遗鸥国家级自然保护区生态功能已基本丧失。
此外，督察还发现，内蒙古存在“好水减少，差水增多”的问题。2015年，全区90个地表水断面中，达标断面同比下降7.7个百分点，劣V类断面同比上升3.1个百分点。其中，黄河支流12个断面中的5个、西辽河流域14个断面中的7个水质持续恶化。内蒙古地下水超采问题突出，通辽、呼和浩特、包头等多个盟市地下水水位下降明显。大量企业违规使用水资源，城镇生活污水处理不到位等问题突出，进一步加剧全区水环境保护严峻形势。与此同时，部分大气污染防治任务进展较慢，全区尚有10家企业22台火电机组未安装脱硫设施，其中呼伦贝尔市多家企业长期超标排放。截至2015年年底，全区城市建成区仍有654台每小时10蒸吨及以下老旧锅炉尚未淘汰。7家企业自备火电厂违规上马，总装机容量达511万千瓦。
呼伦贝尔市的呼伦湖、巴彦淖尔市的乌梁素海、乌兰察布市的岱海湖是内蒙古的三大淡水湖，对于水资源缺乏的内蒙古弥足珍贵。督察发现，三大湖生态功能恢复任务十分艰巨。截至督察组进驻时，2016年2月国家批准的呼伦湖综合治理实施方案项目资金尚未落实，2016年治理任务难以完成。乌梁素海治理工作主要通过凌汛补水，综合治理规划尚未批准实施，农业面源治理不力，保护区内未经环评审批擅自上马占地5000余亩的养殖及其配套工程。岱海湖流域生态退化严重，湖面急剧萎缩，水质逐年恶化。群众多年反映，京能岱海火电厂工业废水直排岱海，但目前相关市县尚未采取有力措施，自治区尚未批准实施岱海湖综合治理规划。
督查风暴期待换回绿水青山
督察反馈报告称，内蒙古自治区高度重视中央环境保护督察工作，按照边督边改要求，严查严处督察组交办的群众举报案件，并向社会公开。截至目前，共办结环境问题举报1637个，关停取缔违法企业362家，立案处罚206件，拘留57人，约谈238人，问责280人。
督察组在通报督察情况的同时，移送督察发现的问题线索，内蒙古自治区主要领导当面签收。督察要求内蒙古自治区党委、政府根据《环境保护督察方案（试行）》要求，抓紧研究制定整改方案，在30个工作日内报送国务院。整改方案和整改落实情况要按照有关规定，及时向社会公开。
内蒙古自治区党委书记李纪恒表示，内蒙古成立整改工作领导小组，对所有问题都不等不拖、立即整改、全面整改，不留死角、不留盲区。拉出问题清单，挂账督办，跟踪问效，动真的、碰硬的、来实的，整改一个、销号一个、验收一个，确保事事有回音、件件有着落。对中央环保督察组移交的案件线索，立即查清事实、分清责任，依法依规严肃追究责任。