中央第十巡视组对国家宗教局开展巡视后，国家宗教局党组对巡视反馈意见高度重视，成立了巡视整改工作领导小组，多次召开党组会、专题民主生活会，对照巡视发现的问题，深刻剖析、认真整改，制定《局党组关于落实中央巡视整改任务的实施方案》，明确整改问题清单、任务清单和责任清单，梳理出37个重点问题、86项重点任务，通过整改问题、健全制度，进一步推动主体责任落实。
立行立改，解决突出问题。召开研究整改工作的各类会议39次，开展党的建设缺失、党的组织生活不规范、党费缴纳、账外账和账外资产、选人用人等5项专项整治工作，清退违规发放购物卡款、违规发放审稿费、违规用餐费等155万余元。
严格执纪，促进作风转变。巡视期间及巡视整改期间，共处理违纪违规人员32人。其中，巡视期间处理的9名干部中，3人予以党纪政纪处分，1人予以诫勉，1人予以辞退，2人予以批评教育，并追究2名部门负责人的领导责任。巡视整改期间处理的23名干部中，4人予以党纪政纪处分，7人予以通报批评，3人予以组织处理，9人予以批评教育等。
健全机构，加强纪检力量。机关党委增设纪检监察室，负责对国家宗教局系统党员干部的监督管理工作和行政监察工作。加强纪检工作力量，为机关纪委配备1名副司级领导和2名干部，并将纪检工作经费列入行政经费预算。明确机关纪委委员职责分工，加强对各部门各单位纪检工作的指导监督。（驻中央统战部纪检组）